Nội dung phim Trường Học Nội Trú xoay quanh câu chuyện kể về một ngôi trường nội trú nằm giữa một khu rừng hẻo lánh. Ba năm một lần, trường sẽ chọn những học viên dựa trên bài kiểm tra đặc biệt, tuy nhiên người tham gia bài kiểm tra không phải là học viên mà là phụ huynh của họ. Mỗi thế hệ ở Home School nhận không quá 13 học viên, và họ sẽ trải qua ba năm ở đây. Bằng chương trình học phong phú, phương pháp giảng dạy bí ẩn cùng với điều kiện sinh sống đầy đủ như ở nhà, ngôi trường đã thu hút các học viên với gia cảnh cực kỳ giàu có. Tuy nhiên, với học viên ở đây thì Home School có vẻ giống một nhà tù hơn là một trường học. Họ phải tuân theo những quy định rất nghiêm ngặt và sống tách biệt hoàn toàn với thế giới bên ngoài. Sau một thời gian theo học, các học viên đã bắt đầu nghi ngờ và cố gắng tìm hiểu những bí ẩn của ngôi trường này.