Điệp Viên Áo Đen - Men in Black kể về hoạt động của 1 tổ chức bí mật chuyên quản lý, giám sát những người ngoài hành tinh trên trái đất (MIB)- Men In Black. Tình cờ chứng kiến một người ngoài hành tinh, nhân viên cảnh sát James Edwards bỗng chốc trở thành đặc vụ J của MIB. Đi cùng với J là K - một đặc vụ kỳ cựu. Cùng lúc đó, một sinh vật ngoài hành tinh xuất hiện để đi tìm 1 Thiên hà siêu nhỏ mang sức mạnh vô tận được gắn trên vòng cổ của 1 con mèo mà chủ nhân của con mèo là hoàng tử thuộc hoàng gia Arquillia. Hoàng tử bị con gián ngoài hành tinh giết và tàu chiến của Arquillia muốn huỷ diệt Trái Đất để ngăn không cho Thiên Hà vào tay Sinh vật kia. J và K phải đứng trước 1 nhiệm vụ đầy khó khăn...và họ sẽ phải làm gì để bảo vệ Trái Đất???