Ma trận xoay quanh lập trình viên Thomas A. Anderson (Keanu Reeves). Anh làm việc trong một công ty phần mềm và còn là một hacker với biệt danh Neo. Neo gặp gỡ một nhóm hacker bí ẩn. Họ thường giới thiệu với anh về thuật ngữ “ma trận”. Sau đó, Neo bị một nhóm đặc vụ bắt giữ. Họ muốn anh giúp chúng bắt Morpheus (Laurence Fishburne) – người đứng đầu của ma trận, người mà chúng cho là “kẻ khủng bố”. Neo vẫn tìm tới Morpheus và chọn lựa uống một viên thuốc màu đỏ để được biết sự thật về ma trận. Từ đây, anh bắt đầu tìm hiểu được những gì đang diễn ra và bước vào cuộc phiêu lưu của mình.